智慧供应链部成立于2002年，原名智能系统部，2017年由国家发展和改革委员批准，成立农产品质量安全追溯技术及应用国家工程实验室，2021年通过了国家发改委组织的优化整合评估，被纳入新序列管理并获准建设“农产品质量安全追溯技术及应用国家工程研究中心”；2022年获批建设“农业农村部农产品冷链物流技术重点实验室”（农产品加工学科群）。部门主要以实现生鲜农产品及易腐食品供应链全程的安全生产、保质储运、高效流通、立体监督、可信溯源为目标，重点开展信息感知与智能处理、质量安全控制与货架期预测、物流过程优化与交易过程监控、风险分析预警与全程监管溯源等方面的理论方法创新、技术产品研发和系统集成应用，面向农业生产主体、经营主体、管理主体和消费主体的需求，提供智慧农场、智慧车间、智能包装、智慧冷链、智慧市场、智慧监管、区块链溯源等系统解决方案。
部门现有科研人员19名，其中博士10人、硕士4人，高级职称9人。部门成立以来，先后承担国家863计划、国家科技支撑计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金、欧盟FP7项目等国家和省部级科研项目30余项，发表SCI/EI收录论文100余篇，获得国家发明专利40余项，获得国家科技进步二等奖2项、省部级科技进步二等奖4项，形成了面向供应链全环节、全品类、全主体业务的技术产品体系，在北京、天津、广东、山西、山东等18个省市的近500家基地得到应用，为2010年广州第16届亚运会、2017年天津第13届全国运动会等提供了追溯技术支持。
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